Cómo facturar como fisioterapeuta: IVA, retención y mutuas

Un fisioterapeuta autónomo suele tener varios tipos de cliente a la vez: pacientes que pagan la sesión, clínicas que le subcontratan, mutuas y aseguradoras. El IVA es el mismo para todos si el servicio es un tratamiento. La retención de IRPF, no.

Por qué el tratamiento va sin IVA

El artículo 20.Uno.3.º de la Ley del IVA (Ley 37/1992) exime la asistencia a personas físicas por profesionales médicos o sanitarios. Son sanitarios "los considerados como tales en el ordenamiento jurídico", y la Ley 44/2003 de ordenación de las profesiones sanitarias incluye la Fisioterapia entre las profesiones sanitarias de nivel diplomado (artículos 2 y 7).

Lo que se exime son los servicios de diagnóstico, prevención y tratamiento de enfermedades. Una rehabilitación tras una lesión, el tratamiento de una lumbalgia o la fisioterapia respiratoria encajan. La Dirección General de Tributos insiste en que manda la finalidad: un servicio sanitario prestado con otro fin no está exento (consulta V2276-24).

La exención tampoco depende de cómo te organices. La misma consulta aplica la exención aunque el profesional sanitario trabaje a través de una sociedad que factura al paciente.

Qué servicios llevan IVA

• Masajes estéticos o de relajación que no forman parte de un tratamiento. La DGT los cita expresamente como no exentos cuando se prestan "al margen o con independencia de un tratamiento médico".
• Clases de ejercicio, pilates o entrenamiento que no forman parte de un tratamiento. Les aplica el mismo criterio de finalidad: sin fin terapéutico, llevan IVA.
• Venta de productos: cremas, vendajes, material para casa. La exención cubre la asistencia, no la venta de bienes, que tributa al tipo que corresponda a cada producto.
• Cursos y formación a otros profesionales. No son asistencia sanitaria. Pueden estar exentos por la vía de la enseñanza (artículo 20.Uno.9.º) si cumplen sus requisitos; si no, 21 %.

Ojo con los títulos: la Agencia Tributaria recuerda en su Manual de IVA que digitopuntores, acupuntores, naturópatas y masoterapistas no son profesionales sanitarios, y sus servicios llevan IVA. Si tienes empleados o colaboradores con esas titulaciones, sus servicios no se benefician de tu exención.

Facturar a una clínica, a una mutua o al paciente

Quién paga no cambia el IVA. El artículo 20.Uno.3.º exime la asistencia "cualquiera que sea la persona destinataria", y el Manual de IVA lo confirma: está exenta tanto si paga el paciente como si paga una sociedad médica o el hospital.

Lo que sí cambia es la retención de IRPF. La fisioterapia por cuenta propia es una actividad profesional, y retienen quienes te pagan siendo entidades o autónomos en su actividad (artículo 76 del Reglamento del IRPF):

La retención es del 15 %, o del 7 % en el año de inicio y los dos siguientes si no ejerciste actividad profesional el año anterior y se lo comunicas por escrito al cliente (artículo 95.1 del Reglamento del IRPF). Más detalle en retención de IRPF en facturas.

Con mutuas y aseguradoras, la factura va a nombre de la entidad que te paga, que es quien practica la retención, aunque el servicio lo reciba el asegurado.

La factura es obligatoria

El Reglamento de facturación (Real Decreto 1619/2012) libera de emitir factura en varias operaciones exentas, pero no en la asistencia sanitaria del artículo 20.Uno.3.º (artículo 3.1.a). Tienes que emitirla siempre. Al paciente particular le vale una factura simplificada si el importe no pasa de 400 € con IVA incluido (artículo 4.1).

En la factura exenta debes indicar la exención o el artículo que la ampara (artículo 6.1.j). Por ejemplo:

Operación exenta de IVA según el artículo 20.Uno.3.º de la Ley 37/1992.

Si en una misma factura hay líneas exentas y líneas con IVA, cada base va por separado (artículo 6.2). Los demás datos obligatorios están en cómo hacer una factura.

Ejemplos con números

Un fisioterapeuta con más de tres años de actividad factura a la clínica en la que pasa consulta las sesiones del mes:

El mismo fisioterapeuta atiende en su consulta a un paciente particular, que se lleva una sesión de tratamiento y un masaje de relajación que no forma parte del tratamiento:

Sin retención, porque el cliente es un particular. Puedes repetir el cálculo con tus importes en la calculadora de IVA y la calculadora de IRPF.

Actividad exenta y gravada: la prorrata

Si todo lo que facturas está exento, no presentas el modelo 303 ni el 390 (artículo 71.1 del Reglamento del IVA). A cambio, no puedes deducir el IVA de tus compras: la camilla, el alquiler o el software te cuestan con IVA.

En cuanto prestas también servicios con IVA, presentas el 303 y el 390 y, por regla general, entra en juego la regla de prorrata (artículos 102 a 106 de la Ley del IVA). Hay dos excepciones a revisar con un asesor: si la actividad gravada es distinta y relevante, puede formar un sector diferenciado con su propia deducción (artículos 9.1.c y 101); y la venta al por menor de productos por una persona física suele ir en recargo de equivalencia (artículos 148 y 154), que no se declara en el 303. Con la prorrata general solo deduces el porcentaje del IVA soportado que resulta de dividir las operaciones con derecho a deducción entre el total de operaciones del año, redondeado a la unidad superior.

Un ejemplo sencillo: 40.000 € de tratamientos exentos y 10.000 € de servicios y ventas con IVA dan una prorrata del 20 % (10.000 / 50.000). De 1.500 € de IVA soportado en el año, podrías deducir 300 €. El ejemplo supone que ambas actividades forman un único sector.

Existe también la prorrata especial (artículos 103.Dos y 106): deduces todo el IVA de lo que usas solo en la parte gravada, nada de lo que usas solo en la exenta, y el porcentaje de la prorrata general en lo que usas para ambas. Se aplica si la eliges o, obligatoriamente, si la deducción con la general supera en un 10 % o más a la que daría la especial. Elegir entre ambas y ajustar la prorrata a final de año es un buen momento para hablar con un asesor.

Los modelos trimestrales de IRPF no cambian: modelo 130, salvo que el año anterior al menos el 70 % de tus ingresos tuviera retención (artículo 109.2 del Reglamento del IRPF). Más en modelos 303 y 130.

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Fuentes

• Ley 37/1992 del IVA, artículos 9.1.c, 20.Uno.3.º, 101 a 106, 148 y 154.
• Ley 44/2003 de ordenación de las profesiones sanitarias, artículos 2 y 7.
• Reglamento de facturación, Real Decreto 1619/2012, artículos 3, 4 y 6.
• Reglamento del IRPF, Real Decreto 439/2007, artículos 76, 95 y 109.
• Reglamento del IVA, Real Decreto 1624/1992, artículo 71.1.
• Consulta vinculante DGT V2276-24.
• Agencia Tributaria, Manual práctico de IVA 2025: exenciones en operaciones médicas y sanitarias.

Revisado el 27 de octubre de 2026.